V srednjem veku je imela katoliška cerkev neomejeno moč ne le na področju oblikovanja svetovnega nazora ljudi, ampak tudi v državni strukturi apologističnih držav. Sekularna oblast verskih voditeljev se je izvajala z ureditvami, ki so vodile slavne križarske vojne, katerih namen ni bil le preoblikovanje poganov v Božjo vero, temveč tudi dejanski vstop dežel osvojenih držav. V drugi četrtini 13. stoletja je Livonski red postal ena od takih paravojaških sil. Njen ustanovitelj je škof Albert iz Rige, ki je imel ogromne agresivne ambicije.
V začetku 13. stoletja je v Rigi obstajal Red mačevnikov - nemška katoliška zveza, v katero so bili vključeni predstavniki duhovnikov in vitezov. Uniforme članov reda so bile bel plašč s tiskom v obliki rdečega križa in meča. Prvi mojster, ki je vodil red, se je imenoval Vinno von Rohrbach, zamenjal ga je Volkvin von Naumburg, na katerem se je končala zgodovina reda. Glavna naloga reda je bila križarska vojna v dežele modernega Baltika. Še posebej težko je bilo osvajanje Litve, večkrat poskušal osvojiti novgorodske dežele. Leta 1219 so skupaj z danskimi vojaki ustanovili trdnjavo Revel (današnji Talin).
Padec reda je prišel v času severnega križarskega pohoda 1233-1236, ki ga je knež novgorodskega Jaroslava Vsevolodoviča ustavil. Swordtails je doživel popoln poraz med križarsko vojno v Litvi leta 1236, ki jo je organiziral papež Gregor IX. Maja naslednjega leta se je vodja tevtonskega reda in papež Gregor strinjal z vpisom preostalih mečev v vrstni red. Odkar so bili nosilci meča nameščeni v sodobnih latvijskih in estonskih deželah, je novo združenje začelo nositi ime Livonskega reda, veje tevtonskega reda. Vitezi Livonskega reda so zapustili enako enotno obleko kot njihovi predhodniki.
Ime reda je dalo ime ljudem, ki so živeli v spodnjem toku reke Zahodne Dvine - Livs. Livonija je združila pet knežev duhovščine: livonski red, pa tudi škofje iz Rige, Kurlandije, Dorpata in Ezel-Viksk. Formalno je oblast nad temi zemljišči pripadala nemškemu cesarju in papežu.
Uradno je bila Livonska veja imenovana Red sv. Marije nemške hiše v Livoniji. Zgodovinarji ugotavljajo, da se je z organizacijo nove strukture ravnotežje moči na tem ozemlju spremenilo. Nosilci meča so Riškemu škofu in Livoncem predali vodjo tevtonskega reda, ki so ga neposredno poslali papežu. Kasneje je bil to razlog za boj za oblast med škofijo in redom.
Novo oblikovani red je svojo moč poskusil šele pet let kasneje. Potem so livonski in tevtonski red šli na Novgorod in Pskov. Vendar pa se je srečal z ostro odpornost ruske vojske, ki jo vodi princ Alexander of Novgorod, ki je šel v zgodovini kot Alexander Nevsky. Legenda pravi, da je bila bitka 5. aprila 1242 na Peipskem jezeru. Slavni Ice Battle končal s popolnim porazom vsiljivcev, ki so ubili okoli 400-500 vitezov.
Istočasno pa zgodba o Livoniji trdi, da ne bi moglo biti toliko vitezov. Še več, večino so sestavljali bojevniki tartujskega škofa. Kakorkoli že, ta poraz je več kot dvajset let oslabil gorečnost Reda v odnosu do Rusije.
Livonski red je v 50-ih letih 13. stoletja prinesel na oblast vladarja Mindaugasa v Litvi. V zameno je bila njihova pristojnost prenesena na Samogitijo. Zveza z litovskim vodstvom je znatno okrepila red. Hkrati pa se prebivalci danega ozemlja ne bodo uprli in ponudili močan odpor novim lastnikom.
Za pridobitev podpore Courlanderjev, ki jih je ta ukaz zasužnjil, se je leta 1260 odločil organizirati napad na Samogitijo. Vendar pa je slednji uspel priti pred njih in napadel prvi. Bitka je potekala na ozemlju današnjega mesta Durbe, v zahodnem delu Latvije. Med bitko so legionarji reda iz poraženih ozemelj - Ests, Latgalijci in Courlanders - hitro zapustili bojišče in pustili nekaj Livoncev samo s Samogitijci, ki so osvojili brezpogojno zmago.
Poraz je povzročil izgubo Samogitija, osvoboditev večine Kurlandov in Saareme.
Odpor v Estoniji, ki je bil formalno umirjen že leta 1227, se ni umiril do konca šestdesetih let. Vstanki v Courlandu in Semgalliji so razplamteli z zavidljivo pravilnostjo. Leta 1267 je padlo Courland, kjer se je skoraj vsa zemlja prepustila škofu Albertu, z izjemo ene tretjine, ki je bila prenesena na škofa Courlanda.
Ta razporeditev zemljišč je bistveno povečala vpliv Livonskega reda. Zgrajen je bil grad Memel, ki je omogočil zemeljsko komunikacijo s tevtonskim redom v Prusiji. Utemeljitev v Courlandu je križarjem omogočila, da vse sile usmerijo k osvajanju Semgallije, ki je bila končno poražena šele leta 1291. Del Courlanderjev je nato pobegnil v Litvo in se izenačil z Litvanci. Tisti, ki so ostali več stoletij kasneje, so postali Latvijci.
Livonski red je prvič prišel v odprti konflikt z rižkim škofom šele leta 1297, čeprav so prej duhovniki že večkrat poskušali izpodbijati oblast Reda. Vojna je z različnim uspehom trajala do leta 1330, ko je ukaz dobil končno zmago in popolnoma podjarmil Rigo. Že pred sredino 15. stoletja se je mesto izmenično predajalo poveljniku reda, nato pa nadškofu, dokler niso leta 1451 izenačili pravice do upravljanja mesta. To stanje je trajalo, dokler ni izginil ukaz.
Severna Estonija je postala last tevtonskega reda leta 1346. Red je kupil ozemlje za pravi denar od danskega kralja Valdemarja IV Atterdaga. Enostavna pridobitev je bila posledica uspešno zatrtega upora leta 1343, ki se je v zgodovino uvrstil med upor sv. Jurija. Vendar pa je leto dni po prevzemu veliki poveljnik tevtonskega reda prenesel dejansko oblast nad deželami na Livonski red. V 15. stoletju, ko se je poskušal ločiti od starševskega reda, so se tu pojavile največje težave.
V začetku 15. stoletja se je Livonski red začel zavzemati za neodvisnost od svojega pokrovitelja, Tevtonskega reda. To je bilo predvsem posledica poraza slednjega leta 1410 v bitki s kombinirano poljsko-litvansko vojsko. Potem so bili sklenjeni uničujoči mirovni sporazumi za tevtonski red, zaradi česar je bila izgubljena moč nad Samogitijo. Vodstvo Livonskega reda se je vedno bolj nagibalo k podpori svojemu pokrovitelju v vojaških akcijah, nato pa je vse skupaj začelo zavračati. Spopad se je okrepil zaradi notranjih protislovij samega livonskega reda.
Zgodovina livonskega reda je vključevala precej zapleten odnos z rusko državo. V bistvu so se vsi trki končali s porazom. Vojaški spopadi so se z različnimi uspehi končali z mirovnimi pogodbami, ki so bile hitro preklicane. Zaradi zaprtega hanzeatskega trgovinskega urada v Novgorodu je leta 1501 izbruhnila livonsko-moskovska vojna. Livonski red je kot zaveznik izbral Litvo, ki je v vojni z Rusijo. Vendar pa to ni privedlo do ničesar, in leta 1503 je bil sklenjen mir, sporazum o katerem je bil redno potrjen do začetka Livonske vojne.
Leta 1551 sporazuma ni bilo mogoče podaljšati. Ruska stran, ki se je uspešno znebila jarma Khanatov, je svoje interese preusmerila na zahod. Pogajanja so trajala več let, dokler Ivan Grozni ni postavil kot ultimat odprave plačila Yurijevega poklona za deželo Tartu škofije, ki je bila po besedah cara prvotno ruska zemlja. Zadnja pogajanja med strankama, ki so potekala leta 1558, niso privedla do ničesar. Začelo se je Livonska vojna. Do konca leta so vojaki Groznega zasedli vzhodno in jugovzhodno Estonijo.
Iz vojne z Rusi se je začelo uničevanje Livonskega reda. Videli so, kako hitro so se ruske enote premikale po deželah reda, severna Estonija in Talin pa sta prostovoljno podrejena Švedski. Grandees preostalih dežel so bili prisiljeni, da se pridružijo poljsko-litovski državi na podlagi popolne podrejenosti. Toda zadnji vodja reda, Master Kettler, je lahko sam branil vojvodstvo Courland, ki ga je vodil.
Slavni livonski red, katerega uradni propad je 1561, je uspešno izvedel uradno politiko katoliške cerkve. Križarska vojna je prinesla slavo in bogastvo. Vendar pa so notranja protislovja in želja po neodvisnosti znatno oslabila red in sčasoma pripeljala do njegovega izginotja.